1、影響信用等級

如果企業非正常原因一個評價年度內增值稅或營業稅連續3個月或者累計6個月零申報、負申報的，不能評為A級。

如果提供虛假的申報材料等去享受稅收優惠，那更加嚴重，不僅會按照規定查處，還會納稅信用將直接降為D級承擔對應后果。

2、發票降版降量

如果企業對長期零申報且持有發票的納稅人,發票降版降量。同時還可以按規定要求定期前往稅務機關對發票的使用進行核查等。

3、嚴重需承擔法律責任

按照相關規定進行納稅評估,在評估過程中發現其存在其存在隱瞞收入、虛開發票等行為，要求其補繳當期稅款與滯納金，并可按規定對其處以罰款，情節嚴重的依法承擔法律責任。

4、可能會吊銷營業執照

長期零申報，公司的電子稅務局將會被鎖定，如果3~6個月不解鎖，則會被納入稅務系統黑名單，面臨著吊銷執照的風險。